关键词:
骨髓增生异常性肿瘤
骨髓增生异常综合征
人参皂苷Rh2
RNA-Seq技术
ID3基因
摘要:
目的探讨人参皂苷Rh2(G-Rh2)治疗骨髓增生异常性肿瘤(MDS)的机制。方法使用RNA-Seq技术,培养MDS细胞株MUTZ-1和SKM-1,使用IC50浓度的G-Rh2对细胞株进行处理,培养24 h,未处理的正常培养的细胞株为对照组。提取实验组与对照组细胞的总RNA,逆转录为cDNA,使用illumina NovaSeq6000测序平台进行PE150模式测序。根据结果进行基因分析、蛋白质互作网络构建、基因集富集分析(GSEA)、差异基因共表达分析、差异基因功能注释(GO)和基因共表达网络构建(WGCNA),使用qRT-PCR对差异基因ID3进行验证。根据CCHCR1转录本的不同,使用Alphafold 2.0预测并绘制蛋白的空间结构。结果G-Rh2对SKM-1细胞IC50浓度为37.76μmol/mL,对MUTZ-1细胞IC50浓度为33.12μmol/mL。RNA-Seq的结果显示,MUTZ-1组有270个差异基因,上调143个,下调127个;SKM-1组有236个差异基因,上调121个,下调115个;Venn图取交集后上调基因共有9个共同基因,其中ID3、PRRC2A和BAG6是3个较为显著的基因,使用qRT-PCR验证ID3基因显著下调与测序结果一致;下调基因共有10个,其中DNAJC25-GNG10、BCL7A基因表达下调较为显著。此外,CCHCR1基因同时出现在表达上调与下调中,CCHCR1的参考转录本表现为微上调,变异体CCHCR1-4转录本表现为较为明显的下调。结论G-Rh2治疗MDS可通过多种路径实现。通过RNA-Seq技术发现G-Rh2可上调ID3基因表达,ID3可能参与了MDS细胞的凋亡调控。