关键词:
三阴性乳腺癌
肿瘤微环境
巨噬细胞
长链非编码RNA
免疫检查点
共调控网络
预后模型
摘要:
目的 探讨三阴性乳腺癌(TNBC)肿瘤微环境中巨噬细胞浸润相关长链非编码RNA(lncRNA)与免疫检查点基因的共调控机制,筛选潜在免疫治疗靶点。方法 从癌症基因图谱(TCGA-BRCA)数据库提取121例TNBC患者的转录组测序技术(RNA-seq)数据及临床信息(中位随访时间46.3个月),同步纳入基因表达Omnibus(GEO)数据库探讨三阴性乳腺癌(TNBC)肿瘤微环境中巨噬细胞浸润相关长链非编码RNA(lncRNA)与免疫检查点基因的共调控机制,筛选潜在免疫治疗靶点。103091数据集(89例)进行验证。采用估算(ESTIMATE)算法计算肿瘤微环境基质评分和免疫评分,通过用于分析混合细胞群体中细胞类型丰度的方法 (CIBERSORT)算法评估M0型(静息巨噬细胞)、M1型(促炎巨噬细胞)、M2型(抗炎巨噬细胞)巨噬细胞浸润比例。结合加权基因共表达网络分析(WGCNA)构建lncRNA共表达模块,筛选与M2型巨噬细胞浸润显著相关的模块。采用皮尔逊相关系数(Pearson)相关分析筛选核心lncRNA及免疫检查点基因,通过蛋白质相互作用网络数据库(STRING)构建蛋白质相互作用网络,利用生物信息数据库(DAVID)进行基因本体富集分析(GO)/京都基因与基因组百科全书富集分析(KEGG)。采用单因素生存分析(Cox)回归筛选预后相关分子,多因素Cox回归构建风险模型,通过受试者工作特征曲线(ROC)评估模型效能。组间比较采用t检验或Wilcoxon秩和检验;计数资料采取例%表示,采用χ^(2)检验,组间计量资料采用独立样本t检验,组内比较采用配对t检验。结果 共筛选出巨噬细胞浸润相关lncRNA156个(其中M2型特异性相关98个)、免疫检查点基因23个,形成包含28个核心节点的共调控网络(平均连接度12.6)。其中lncRNA AC011445.1与程序性死亡因子配体1(PD-L1)(CD274)表达呈强正相关(R=0.76,P<0.05),LINC00511与细胞毒性T淋巴细胞相关抗原4(CTLA4)表达相关(R=0.68,P<0.05)。功能富集显示,核心分子显著富集于T细胞受体信号通路(FDR<0.05)、巨噬细胞活化调控(FDR<0.05)等通路。预后模型包含6个lncRNA和3个免疫检查点基因,高风险组中位生存期显著短于低风险组[31.2个月比62.5个月,风险比(HR)=2.87,P<0.05],模型1、3、5年AUC分别为0.78、0.75、0.72。GSE103091数据集验证显示一致结果 (HR=2.43,P<0.05)。结论 TNBC中巨噬细胞浸润相关lncRNA通过调控免疫检查点基因参与肿瘤免疫逃逸,所构建的风险模型可有效评估患者预后,为免疫治疗提供新靶点。