关键词:
长读长测序
可变剪接
选择性多聚腺苷酸化
肿瘤
摘要:
RNA可变剪接(Alternative splicing,AS)和选择性多聚腺苷酸化(Alternative polyadenylation,APA)是真核生物的关键转录后调控机制,通过生成多样化的mRNA转录本,极大增加了基因表达的复杂性和蛋白质组的多样性,在细胞生理和病理过程中扮演重要角色,尤其对肿瘤的发生发展具有深远影响。高通量测序技术的出现为大规模研究AS和APA事件提供了有力工具。常规二代测序(Next-generation sequencing,NGS)因其读长短的局限性,难以精确解析复杂多变的剪接模式和APA位点,而三代测序技术具有长读长的特点能够有效解决这一问题。本文综述了NGS和长读长测序(Long-read sequencing,LRS)在分析及鉴定肿瘤相关RNA AS和APA事件中的应用进展。文献复习表明,LRS在肿瘤研究领域展现出显著潜力。相较于NGS,LRS能够更准确地鉴定复杂的AS模式,识别精确的剪接位点和APA位点,并解析完整的转录本异构体结构,有助于发现新的肿瘤特异性剪接变异体和APA事件。LRS为全面绘制肿瘤中的AS和APA图谱、深入探究其在肿瘤发生发展中的作用机制开辟了新途径。未来,该技术有望在发现新的肿瘤诊断生物标志物、预后评估指标以及开发基于RNA剪接调控的精准治疗策略方面发挥重要作用。