关键词:
山羊
ENTV-2
全基因组扩增
序列分析
摘要:
本研究旨在对获得的山羊地方性鼻内肿瘤病毒(ENTV-2)进行全基因组扩增和序列分析,明确其遗传特征及进化地位。通过PCR鉴定与Sanger测序获得其序列,命名为GZZY1(基因登录号:PV871611.1)。利用DNASTARLasergene v7.1、RDP4、SimPlot及MEGAv11软件(邻接法),结合GenBank中相关参考毒株进行基因特征及系统发育分析。系统发育分析显示,所有中国ENTV-2毒株聚为谱系1,其他国家毒株构成谱系2;谱系1可分6个亚谱系,GZZY1因与已知亚谱系聚类距离较远,成为新的1.6亚谱系,其与ENTV-2 CQ1核苷酸差异近5%,印证了独特性。GZZY1全基因组相关特征:长末端重复序列(LTR)长377 bp,U3、R、U5区域分别为285、13、79 bp,与ENTV-2 FJ有7个核苷酸差异,且LTR区域与其他病毒差异显著;gag基因编码616个氨基酸多肽,含典型锌指结构域,与enENTV-CHN4的Gag氨基酸相似度96.4%,24个差异中8个位于可变区域,且不含多数ENTV-2中的连续6个Pro残基序列。Pro区与ENTV-2 Shaanxi3核苷酸及氨基酸相似度均达99.7%,仅1个氨基酸差异;Pol区与enENTV-CQ1核苷酸相似度97.9%、氨基酸相似度98.3%,有12个氨基酸差异;Env蛋白与ENTV-2 CQ1有25个氨基酸差异,21个位于SU结构域,4个位于TM结构域,且除特定毒株外均含YXXM基序。重组分析表明,GZZY1存在4个高可靠性重组断点,可能是以enENTV-CQ1(1.5亚谱系)为主亲本、ENTV-2 FJ(1.2亚谱系)为次亲本的天然重组体,非重组区与重组区的系统发育关系差异支持此结论。综上所述,本研究获得了一株新的ENTV-2重组毒株,为深入探究ENTV-2遗传变异与进化提供了重要依据。